ナナイロは独立事業部制度を導入しており、現在12の部が会社組織の中心となっています。部には10の事業部があり、他に企画部と管理部があります。その上部に業務執行の意思決定等をおこなう取締役会があります。また、職場環境の維持と向上を目的として4つの委員会が設けられています。